L'Office du médecin cantonal traite les affaires qui lui sont attribuées par la législation et participe à celles qui font appel à sa compétence d'expert.

Il est en particulier compétent pour:

• l'aspect médical de la prévention et de la promotion de la santé;
• la lutte contre les maladies transmissibles de l'homme;
• la police sanitaire, pour autant qu'elle ne ressortisse pas à un autre office;
• les questions médicales ayant trait aux hôpitaux, aux foyers et au traitement des maladies en général;
• la surveillance des professionnels de la santé, à l'exception des professions pharmaceutiques et des professions soignantes;
• la surveillance du service médical scolaire;
• le service sanitaire coordonné ainsi que les aspects sanitaires du service de secours en cas de catastrophe et du service de sauvetage;
• l'exécution, dans son domaine de spécialité, de la loi fédérale sur l'assurance-maladie, en particulier de son article 41, alinéa 3 (prise en charge des frais);
• les autorisations relevant de son domaine;
• la réception des avis concernant des interruptions non punissables de la grossesse conformément à l'article 120, chiffre 2 du Code pénal suisse du 21 décembre 1937 (CP);
• la levée du secret professionnel au sens de l'article 321, chiffre 2 CP.