Die KEK besteht einerseits aus der eigentlichen Fachkommission bestehend aus der Gesamtkommission mit sämtlichen vom Regierungsrat gewählten Mitgliedern – inkl. Präsident und zwei Vizepräsidenten und andererseits aus einem Sekretariat (wissenschaftlich und administrativ), dessen Mitarbeitende bei der GEF angestellt sind.

Rein organisatorisch-administrativ handelt es sich beim Sekretariat um eine Art Abteilung des Kantonsapothekeramts (KAPA) mit Sonderstatus. Die eigentliche Kommission ist fachlich unabhängig und hat Verfügungskompetenzen in ihrem Fachbereich (vgl. auch Forschungsverordnung der KEK Link öffnet in einem neuen Fenster. (PDF, 22 KB, 3 Seiten)).