Le Secrétariat général a pour mission principale de conseiller et de seconder le directeur dans la gestion de la Direction et dans la préparation des décisions concernant des dossiers de politique sanitaire et sociale. Assumant des fonctions d'état-major et de coordination, il veille à l'accomplissement des tâches, en interne comme vis-à-vis de l'extérieur.

Pascal Coullery est secrétaire général de la Direction de la santé publique et de la prévoyance sociale. Il est également responsable du département Social du Secrétariat général. Le département Santé est dirigé par Katharina Schönbucher Seitz, secrétaire générale adjointe.