Das Kantonsarztamt versteht sich als Fachinstanz für öffentliche Gesundheit im Kanton Bern. Es bearbeitet alle Geschäfte, die ihm die Gesetzgebung zuweist oder deren Natur seine Mitwirkung als Fachinstanz erfordert.

Die kantonsärztlichen Aufgaben können verallgemeinert zusammengefasst werden in hoheitliche Aufgaben (Vollzug der eidgenössischen und kantonalen Gesetzgebung), in solche der öffentlichen Gesundheit (Gesundheitsförderung, Prävention, Bekämpfung) sowie in beratende (Regierung, Direktionen/Departemente, Ämter, Parlament und Parlamentskommissionen).