Die Hauptaufgabe des Generalsekretariats der Gesundheits- und Fürsorgedirektion ist die Beratung und Unterstützung des Gesundheits- und Fürsorgedirektors bei der Führung der Direktion und bei der Vorbereitung von Entscheiden im Bereich Gesundheit und Fürsorge. Das Generalsekretariat stellt als Stabsstelle und Koordinationsdrehscheibe die Aufgabenerfüllung gegen innen und aussen sicher.

Generalsekretär der Gesundheits- und Fürsorgedirektion ist Pascal Coullery, der auch für das Ressort Soziales verantwortlich ist. Das Ressort Gesundheit wird von Katharina Schönbucher Seitz, stellvertretende Generalsekretärin, geleitet.